Das Institut ist eine Einrichtung der „Stiftung für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen“, die der Gemeinsame Bundesausschuss (G-BA) mit dem ausschließlichen Zweck der Errichtung und Unterhaltung des Instituts errichtet hat (§ 1 und 2 der Stiftungssatzung). Das IQWiG ist ein unabhängiges wissenschaftliches Institut, das den Nutzen medizinischer Leistungen für Patientinnen und Patienten untersuchen soll. Damit stehen die Qualität und die Wirtschaftlichkeit auf dem Prüfstand. Das Institut erforscht, was therapeutisch und diagnostisch möglich und sinnvoll ist und informiert Ärzte und Patienten darüber. 

Es wurde im Zuge der Gesundheitsreform am 1. Juni 2004 als eine Einrichtung der Stiftung für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen gegründet und ist im Auftrag des Gemeinsamen Bundesausschusses (G-BA) oder des Bundesgesundheitsministeriums (BMG) tätig. 

Finanziert wird das Institut für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen (IQWiG) durch Zuschläge für stationäre und ambulante medizinische Leistungen, die überwiegend von der Gesetzlichen Krankenversicherung (GKV) erstattet werden.  Zu den Instituts-Aufgaben gehört u. a. die Bewertung von Operations- und Diagnoseverfahren, Arzneimitteln sowie Behandlungsleitlinien. Auf der Basis der evidenzbasierten Medizin erarbeitet das IQWiG außerdem die Grundlagen für neue Disease Management Programme (DMP) – strukturierte Behandlungsprogramme für chronisch Kranke. Das Institut trägt so dazu bei, die medizinische Versorgung in Deutschland zu verbessern. Die Arbeitsaufträge erhält das Institut vom Gemeinsamen Bundesausschuss (G-BA) oder vom Bundesministerium für Gesundheit (BMG). Das Institut für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen (IQWiG) kann aber auch in eigener Regie für die Gesundheitsversorgung relevante Themen aufgreifen und wissenschaftlich bearbeiten. Möglich ist dies aufgrund eines so genannten Generalauftrags, den der G-BA im Dezember 2004 erteilt und im März 2008 erweitert hat.  

Daneben hat der G-BA eine ganze Reihe inhaltlich sehr vielfältiger Forschungsaufgaben vergeben: Unter anderem soll das Institut medikamentöse Therapien im Vergleich untereinander sowie im Vergleich mit nicht medikamentösen Therapien bei sieben so genannten Volkskrankheiten analysieren: Diabetes Typ 1 und Typ 2, Bluthochdruck, Asthma bronchiale und chronisch obstruktive Lungenerkrankung (COPD) stehen ebenso auf der Agenda des Instituts wie Demenz und Depression. Therapiealternativen sollen vor allem danach bewertet werden, ob sie für den Patienten eine Verbesserung bringen.

Es gibt auch kritische Berichte über das Institut für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen (IQWiG). So wird im Blog Homöopathie & Forschung berichtet, dass das IQWiG laut BPI falsche Patienten-Informationen verbreitet. Der Bundesverband der Pharmazeutischen Industrie (BPI) kritisierte scharf eine durch das Institut für Qualität und Wirtschaftlichkeit im Gesundheitswesen (IQWiG) veröffentlichte Informationsschrift für Patienten zum Thema „Nahrungsergänzungsmittel und komplementärmedizinische Präparate“. Darin enthaltene Aussagen seien falsch und diskreditierten Arzneimittel.